Výzkum strategických regionů probíhá vždy také v perspektivě evropské zkušenosti. V Evropě samotné, od Kavkazu po Island, vzhledem k její vnitřní kulturní a politické členitosti, i do různé míry odlišné historické zkušenosti, je řada regionů, jež z pohledu Evropské unie a České republiky lze považovat za strategické. Zejména země bývalého komunistického bloku v Evropě sdílejí historickou zkušenost, která se promítá i do jejich přítomnosti. Vztah k bývalému hegemonu v oblasti (Sovětskému svazu) a jeho nástupnickému státu (Rusku) je středobodem zájmu jak politologů, tak historiků a filologů, a to jak na Ústavu východoevropských studií, tak na dalších pracovištích, tedy na Katedře středoevropských studií a Katedra jihoslovanských a balkanistických studií, tak i na Ústavu politologie a Ústavu světových dějin.
ISSR se těmto tématům v různých aspektech věnuje především Skupina pro výzkum kolektivní paměti na semi-periferiích Evropy a Skupina pro výzkum studené války. Při FF UK vzniklo také Akademické centrum Borise Němcova, s nímž úzce spolupracujeme. Důležité též je vnímat evropskou myšlenku v konfrontaci různých filosofických tradic, přičemž této perspektivě se věnuje badatelský tým Collegium Europaeum.